A lo largo del Torneo Clausura 2012 los celestes adolecieron de varias lesiones de jugadores clave (Torrado, Giménez, Villa, Ponce, Araujo), que combinado con el empalme de calendario con Copa Libertadores mermaron físicamente el rendimiento del equipo. Obtuvo su primer título oficial, la Copa Libertadores 2003, en la que marcó un gol en la final contra el Santos FC de Brasil, terminando el torneo con cinco goles.
